La Secretaría de Salud Departamental, tiene como misión Mejorar progresivamente las condiciones de salud de los atlanticenses, mediante el cumplimiento de las funciones de asesoría técnica, vigilancia y control de los servicios de salud. Buscar con todos los actores del sistema, el mejoramiento científico, administrativo y financiero técnicamente, para reducir los factores de riesgos y mejorar cada vez más los servicios del Departamento.

Dividida en las siguientes subsecretarías:

- Subsecretaría de Desarrollo Administrativo.
- Subsecretaría de Asesoría y Asistencia en Seguridad Social.
- Subsecretaría de Salud Pública.