La Junta Especial Ciudadela Universitaria está integrada por:
a) Por el Gobernador del Atlántico, quien la preside;
b) Por un representante del Gobierno Nacional;
c) Por el Rector de la Universidad del Atlántico;
d) Por un representante del Cuerpo Docente de la Universidad del Atlántico; y
e) Por un representante elegido por los estudiantes de la misma Universidad.
A su vez, La Junta Especial Ciudadela Universitaria se rige por la Ley 77 de 1981 y por su Estatuto Reglamentario (Resolución 01 de 1987).