Fundado en el diciembre de 2011; para contener y conservar las piezas arqueológicas encontradas en el casco urbano y el área rural de Santo Tomas.

Las piezas datan de los siglos XV hacia atrás, antes de la época de la Conquista española. Son piezas indígenas que según las investigaciones pertenecen a las cultura Sinuana y Malibú. Son imágenes Zoomórficas, Culturales, grabados.